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Anatomie eines Vernetzers

Die Vernetzungs-Massenspektrometrie hat sich zu einer Schlüsseltechnologie in der Strukturbiologie entwickelt und weitet ihre Reichweite auf die Systembiologie aus. Sie besticht durch einen schnellen Arbeitsablauf, hohe Empfindlichkeit und die Fähigkeit, Daten über Proteine in komplexen Systemen, sogar in ganzen Zellen, zu liefern. Die Technologie hängt stark von Vernetzungsreagenzien ab. Die Anatomie von Vernetzungsreagenzien kann modular sein und manchmal Kombinationen von funktionellen Gruppen umfassen. Diese Gruppen werden unter anderem durch folgende Konzepte definiert: Reaktionsselektivität zur Erhöhung der Informationsdichte, Anreicherbarkeit zur Verbesserung der Detektion, Spaltbarkeit zur Verbesserung des Identifizierungsprozesses und Isotopenmarkierung zur Quantifizierung. Wir argumentieren hier, dass beide Konzepte und funktionellen Gruppen einer gründlicheren experimentellen Bewertung bedürfen, damit wir genau zeigen können, wie und wo sie bei der Anwendung auf Vernetzer nützlich sind. Das Design von Vernetzern sollte sich an Daten orientieren, nicht nur an Konzepten. Wir konzentrieren uns auf zwei Vernetzerkonzepte mit großen Auswirkungen auf die Technologie, nämlich die Reaktionskinetik reaktiver Gruppen und Anreicherungsgruppen.

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